Al final de dos de los brazos del Chiosto se encuentra la entrada al Museo dell'Opera Francescana. Dividido en cuatro salas, se abrió al público en 1995 y conserva algunos tesoros del complejo monástico que escaparon al bombardeo de 1943.

El itinerario continúa en la Zona Arqueológica, donde hay restos de unas termas romanas descubiertas durante las obras de restauración tras la Segunda Guerra Mundial.