Al termine di due dei bracci del Chiosto è posto l'ingresso al Museo dell'Opera Francescana. Suddiviso in quattro sale, fu aperto al pubblico nel 1995 e conserva alcuni tesori del complesso monastico scampati al bombardamento del 1943.

L'itinerario prosegue nell' Area Archeologica dove si trovano resti di uno stabilimento termale romano scoperto in occasione dei lavori di restauro durante il secondo dopoguerra