La iglesia se abrió al cultoen 1340
La iglesia se presenta hoy en su forma gótica provenzal original, con una fachada de amplia cúspide, en la que se sitúa el antiguo rosetón calado, y un pronaos de arcos apuntados
El interior es de una sola nave con diez capillas a cada lado. El presbiterio se caracteriza por la presencia de monumentos funerarios de la familia real angevina. En el centro se encuentra la tumba de Roberto de Anjou, obra de los hermanos Bertini, mientras que las dos tumbas del lado derecho, destinadas a albergar los restos de Carlos de Calabria y María de Valois, son obra del gran maestro Tino di Camaino. La tumba del lado izquierdo, en cambio, es la de María de Durazzo, realizada por un escultor anónimo, conocido como Maestro Durazzesco.
Además de los monumentos funerarios angevinos de Santa Clara, allí se conservan los restos de la familia Borbón.
En 1742, la iglesia fue reformada por el arquitecto Domenico Antonio Vaccaro. Los amplios revestimientos dieron al conjunto un aspecto barroco.
El 4 de agosto de 1943, la iglesia fue destruida casi por completo por un ataque aéreo. Fue reconstruida y restaurada bajo la dirección de Mario Zampino en el estilo gótico original. Diez años más tarde, el 4 de agosto de 1953, se reabrió al culto.
Detrás del altar mayor se encuentra el antiguo Coro de las Clarisas, una sala desde la que las monjas participaban en los oficios religiosos. La capilla, estructurada como una sala capitular cisterciense, consta de tres naves, dos de ellas cubiertas por bóvedas de crucería. El Coro, hoy Capilla de la Adoración, es un espacio reservado a la oración,
Inmediatamente después de la capilla de los Borbones se encuentra la única pieza de fresco que ha sobrevivido a los avatares de la iglesia.
Representa a la Virgen laboriosa o costurera. A pesar de un gran fallo de escayola en la parte izquierda del fresco, se vislumbran, a la altura de la cabeza de la Virgen, los extremos de sus dedos unidos agarrando una aguja y tirando, con ágil y diestra habilidad de sastre, del hilo con el que va a remendar la tela arrugada de una de sus piernas. El Niño, pensativo, está sentado de lado en el suelo con las piernas cruzadas y un dedo sobre la boca, en alusión a la Eucaristía. Detrás de él, exactamente en eje con el cruce de sus miembros, se alza una cruz, clara referencia a la Pasión.